Den här helt underbara filmen handlar om tre hemlösa personer: Miyuki, en tjej som rymt hemifrån, Hana, en energisk och optimistisk transvestit, och Gin, en ganska ohövlig och negativ man. De bor tillsammans i ett fallfärdigt kyffe. På julaftonskvällen hittar de en liten skrikande baby bland en hög med sopor. På en lapp står det "Ta hand om det här barnet" och det finns även en liten nyckel i botten av väskan som babyn låg i.
Deras första tanke är att gå till polisen, men Hana, som låtit sin moderliga sida blomma fram, övertygar Gin och Miyuki om att de istället ska försöka leta rätt på babyns föräldrar, om så bara för att få svar på hur de kunnat överge sitt barn på det sättet.
Trots att de har alla odds emot sig kämpar de för att söka rätt på barnets föräldrar. De stöter på många motgångar och äventyret blir lite mer komplicerat, och mer farligt, än de hade tänkt sig. Men vad gör man inte för det man tycker är rätt? Tack vare sitt sökande kommer de tre även att börja tänka över sina egna liv och deras syn på vad en familj har för betydelse för dem.

Tokyo Godfathers är som en berg-och-dalbana. Det finns ingen hejd på humorn och skratten som följer med den, men det finns även många tillfällen då man inte kan låta bli att bli ordentligt berörd. Det finns så mycket att lära sig av filmen och dess budskap. Saker som har gått fel i livet kan klaras upp, och trots att man själv inte har lyckats skapa det liv man önskade, så kan man ändå göra vad man kan för att någon annan ska kunna det. Man måste dela på det lilla man har!